Nejčastějšími nemocemi a patogeny, které postihují kokršpaněly jsou displazie kyčelních kloubů, progresivní retinální atrofie a dědičná nefropatie.
Displazie kyčelního kloubu je kosterní onemocněné, které vzniká v kloubu stehenní kosti a jeho jamky. Špatný pohyb kloubu v jamce má za následek nevhodný pohyb kloubu a vznik dalších degenerativních změn na kloubu a jeho okolí (artritidy). Přípustné jsou hodnoty A-D (0-3), ačkoliv se nedoporučuje zkřížit dva jedince už s hodnotami C.
Progresivní retinální atrofie je degenerační onemocnění oční sítnice. U kokršpanělů se vyskytuje tzv. PRCD forma. Na tuto chorobu, která způsobuje šedý zákal a ztrátu zraku, neexistuje léčba. Jediný způsob jak ji eliminovat je vyřadit nakažené jedince z chovu, jedná se totiž o dědičné onemocnění.
Dědičná nefropatie, neboli vrozené selhání ledvin u anglického kokršpaněla je další genetickou poruchou. Projevuje se v období od šestého měsíce do druhého roku, a je smrtelná. Prevencí je DNA test, kde se tato nemoc dá najít, a degenerované jedince lze zachránit, pokud se nemoc zachytí včas a léčba je konzultována s veterinářem.